Es la Iglesia más antigua de Boca del Río, fue fundada el 25 de diciembre de 1776, siendo mayordomo el Sr. Salvador González. En sus inicios se veneraba a la Virgen del Carmen, patrona de los pescadores. Pero según la historia, un día los pescadores hallaron entre sus redes la estatua de Nuestra Señora de Santa Ana, y desde entonces, se convirtio en la patrona y protectora de Boca del Río.
La campana de la Iglesia fue elaborada en 1813 pero un viento huracanado la derrumbó y fraccionó. Pasaron mucho años antes de sustituirla por la campana actual, pero aun se conserva en el interior de la Iglesia la vieja campana.