La fortaleza esta ubicada frente al puerto de Veracruz, su origen está ligado a la fundación de la Villa Rica de la Vera Cruz. En sus inicios fue nombrada como "Chalchicueyecan" y en
1518 fue cambiado a San Juan en honor del capitán
Juan de Grijalva y Ulúa porque según la leyenda, cuando los españoles llegaron a esta isla encontraron a dos muchachos sacrificados y le preguntaron a un indígena el por qué de tal suceso, este les contestó que los Culúa (los habitantes del lugar) los mandaban a sacrificar, pero como los españoles no lo supieron pronunciar y desconocian lo que el nativo les decía, pensaron que así se llamaba el lugar.
El primer uso que tuvo el islote fue como muelle para los galeones que traían mercancía y viajeros de España. Al terminar la independencia, también era tomada por los reconquistadores.
Después de un tiempo el complejo se convirtió en prisión y era visto como uno de los lugares más temidos. Diversos personajes de la historia de México estuvieron en sus celdas. Entre los más conocidos están
Fray Servando, Teresa de Mier y
Benito Juárez. Pero, el personaje más famoso fue
Jesús Arriaga, mejor conocido como "Chucho el Roto", quien logró escapar una vez.
Actualmente se emplea como museo. Los visitantes pueden disfrutar de un recorrido por todas sus instalaciones, a excepción de uno de sus baluartes que es ocupado por la armada de México.
